過濾棉，是最常需要更換的睡眠呼吸機配件。過濾棉有助於清潔 CPAP 呼吸機產生的空氣。

一般情況下，超細過濾棉應該每四個星期更換。生活在抽煙或養寵物家庭的人們需要更頻繁地更換呼吸器過濾棉。

無論是CPAP 呼吸機，全自動呼吸器還是雙氣壓呼吸機，唯一需要做的維護就是清潔或更換進氣口處的過濾棉。這樣可以防止呼吸器內部部件積聚灰塵。紙芯超細過濾器應每30天更換一次，或者當它們變髒時就要及時更換。

可洗過濾棉應每星期用清水沖洗一次，讓其自然晾乾，然後重新插入呼吸機。